1993年10月，《中华人民共和国红十字会法》颁布实施，标志着中国红十字事业走上了法制化轨道。1995年6月，上海市人大通过了《上海市红十字会条例》，上海红会工作从此走向崭新的局面。2000年3月，上海市红十字会隶属关系从市卫生局划出，改由上海市政府直接领导联系，独立建制为市红十字事业的发展赢得了更为广阔的发展空间。
一是救灾、救助、救护能力得到较大提高。
上海市红十字会长期以来十分重视备灾救灾工作，救灾能力得到较大提高。尤其是在1998年特大洪灾、2003年“非典”、2004年印度洋海啸、2008年南方冰雪灾害和汶川地震、2009年“莫拉克”台风等重大灾害救援工作中，均发挥了十分重要的作用。据不完全统计，10余年来上海市各级红十字会共募集各类善款和物资超过20亿元人民币；援建灾区的学校、医院、卫生防疫站（所）等110余所；对上海地区的千余户遭受风、火、水灾的居民进行了及时的救助。此外，于1997年建成上海市红十字备灾救灾中心，面积约14600平方米，仓库建筑面积达5800平方米。
在人道救助领域，上海市红十字会以改善最易受损群体境况为己任，积极开展各项人道救助工作，救助能力不断提升。目前，已在市、区县两级红十字会普遍建立人道救助基金。上世纪90年代推出的“千万人帮万家”项目，已累计救助12万余个困难家庭，发送救助物资达8000余万元。同时，在全国首创上海市中小学习生、婴幼儿住院医疗互助基金并纳入管理。该基金覆盖了全市城乡、非上海户籍0-18岁人群，2009年覆盖率达到190万余人。先后为近100万患儿支付近9亿元人民币医疗费用，成为上海市居民医疗保险制度中不可或缺的补充部分。
在红十字会的传统业务——救护培训方面，多年来，上海市红十字会在学校、社区、消防、旅游、交通运输等重点行业和重点人群中积极推进现场初级急救和防灾避险知识的培训及宣传普及。2008—2010年，群众性现场初级急救培训连续三年被纳入上海市政府实事项目，完成了10万名红十字救护员和100万人的普及培训，在全市建立了街道（乡镇）、居住小区、村为基础的群众性救护网络。同时，积极参与奥运会、世博会等重大赛事和活动服务保障，完成2010年上海世博会相关人员急救培训9万余人，在世博园区内设立红十字服务站并提供服务近18万人次，为保护生命、减少伤残起到了积极的作用。
二是造血干细胞、遗体捐献工作居全国前列。
上海市红十字会从1992年起长期坚持开展造血干细胞捐献的志愿者招募工作，在全国首家建立了“中华（上海）骨髓库”。1996年，全国首例由上海骨髓库提供的“非血缘关系造血干细胞”移植手术在上海华山医院获得成功。1999年，又成立了全国首家造血干细胞捐献志愿服务组织——上海市红十字造血干细胞捐赠志愿者俱乐部。如今，造血干细胞捐献者资料库上海市分库的库容量已超过10万人份，并于2011年1月成为全国首个“捐献达200例”的省级分库，捐献志愿者数和实现捐献人数均位居全国前列。
作为全国最早开展遗体捐献工作的城市之一，上海于1995年颁布了《上海市红十字会条例》，将“开展志愿捐献遗体工作”列入上海市红十字会工作职责。2001年3月1日，全国第一部遗体捐献的地方性法规《上海市遗体捐献条例》正式施行，明确规定，自2003年起，上海市红十字会将每年的3月1日定为上海市遗体捐献纪念日。同时，上海市红十字会在上海福寿园公墓中设立了全国第一个遗体捐献纪念碑和纪念馆。截止2010年底，全市遗体（角膜）捐献登记人数累计近3万人，实现捐献人数累计5600余人。
此外，自1987年上海开展无偿献血以来，市红十字会长期坚持开展无偿献血动员和表彰工作，2009年开始在造血干细胞志愿者中广泛开展成份献血工作，反响良好。
三是推进国际交流合作与红十字运动知识传播。
进入21世纪后，国际交流与合作不断增多。上海市红十字会同红十字国际委员会以及俄罗斯、德国、韩国、日本、荷兰、美国等国家有关城市红十字会有着良好的交流、交往与合作，定期开展志愿服务、红十字青少年夏令营等活动，并与香港、澳门红十字会和台湾地区红十字组织保持密切的交往。1978年，上海市红十字会启动查人转信、重建家庭工作，已先后帮助4695个家庭离散的亲人团聚。同时，积极参与中国红十字会组织的各类国际救援，赢得了良好的社会声誉和政治影响。
此外，坚持对红十字工作人员、红十字会会员、志愿者等进行红十字会法和红十字运动基本知识宣传，先后已有100多万人次接受了培训和传播。同时，建立上海市红十字会门户网站，《上海红页》杂志创刊，《上海红十字》报月发行量突破12万份，并拓展了移动媒体、广播电视、LED屏幕等多种途径，充分利用社会各种媒体传播红十字精神。
上海市红十字会成立一百年来，历经了清朝、民国和新中国三个阶段，见证了中华民族自强不息、和谐进步的发展之路。目前，全市共有18个区县红十字会，220余个街、镇红十字会，建有红十字服务站3000余个，有1600余个学校红十字会，70余所冠名红十字医疗机构，团体会员单位1500余个，红十字会会员近90万名，红十字志愿服务队1200余支，红十字志愿者9万余人，形成了较为完整的红十字组织体系，已成为一支不可或缺的稳定社会、扶危济困、弘扬社会主义精神文明和国际人道主义的重要力量。